云梦泽巨大而荒芜，众人却无法找到朱雀之璋的踪迹，远之分析既然七曜使者处处破坏太辰宫的五岳结界，那么不妨去附近的霍山朱雀结界看看。众人来到霍山，却发现结界前一片狼籍，却原来是七曜使者刚刚进入朱雀结界。众人正要跟进，却被五龙子挡住，他虽同属太辰宫人，却不满远之年少得势，所以故意放任远之主持的五岳结界被破坏，更在被击败之后道：“不要以为这个小白脸是好人，他不过是师傅故意放在你们身边的棋子！”车芸虽然依然相信大哥哥，但嬴诗对他的罅隙就更加深化。
众人终于进入朱雀界，发现结界中心已经被毁，重建五岳阵还需60年，桓远之不由颓然，更与嬴诗吵架，三个人不欢而散。
车芸回到郢都，却被化装成桓远之的六龙子抓获，带回师傅身边。就在车芸被抓的瞬间，嬴诗立即有了感应，向她遇险的方向赶去。
桓远之回到中岳，发现中岳结界也已被七曜使者毁坏，用五岳阵吸纳王霸之气的梦想已经破灭，心中无比沮丧，就在这时，九龙子嘲风上得山来，道：“四哥，霸下把你认识的车小姑娘抓住了，师傅也很不满你卧底的结果呢。”桓远之雄躯剧震，旋即装做平静道：“我去看看她。”正要下山，嘲风忽拦在他面前，目中流露出深刻的感情道：“一世人两兄弟，师傅实已对你动疑心，你千万不要做傻事。”桓远之道：“师弟，你是太辰宫中我最信任的人，我只是去看看，你不要拦着我。”嘲风欲言又止，终于退开一边。
桓远之走到山腰，正见车芸昏倒在地上，狴犴和狻猊在边上看守，他立即展开天书，瞬间将二龙子定身，便要放车芸逃生，但蒲牢的声线忽地响起：“你果然是叛徒。”桓远之缓缓回身道：“我对太辰宫忠心不二，但车小姑娘是我救命恩人，我只是不想伤害到她。”但蒲牢和霸下如何肯放人，双方立即过招，虽然二龙子本领不小，但桓远之与车芸联手更是威力倍增，将他们击败。桓远之要车芸立即驾云狐去找嬴诗，自己与太辰宫周旋。不料天下第一高手睚眦已经到来，将车芸擒下。
原来他们早已对掌握天书法术的桓远之心存忌惮，这次卧底亦是考验其是否真心为太辰宫服务。睚眦要桓远之杀死车芸以表忠心，桓远之不从，睚眦长叹一声：“动手吧。”转身离去，四位龙子狞笑着围了上来……
桓远之清醒时，车芸和嬴诗都在身边，原来嬴诗感到车芸出事后，本能地来到太室山，出乎意料地击败了四位龙子，救下了桓远之和车芸。经过此事，桓远之赢得了嬴诗的信任，三个人终于又在一起了。
嬴诗一个人来到周穆王陵，这是她和祖父发现的地方，是她的个人秘密，她把青龙圭放入暗门，开始向祖父祈祷，祖父慕容垂的影子出现，要她顺应天命。
众人来到秦国雍城，嬴诗这才透露自己其实是秦穆公的义女，进宫见王，秦穆公谈到晋国屡屡进犯，决定在崤山与之一战，但大夫百里奚一直阻止。三人来到百里奚处，得知他一直因为反对用兵而托病，但他对嬴诗却还不错，告之白兽之琥被姜太公存放于昆仑界，而入口就在陈宝祭庙。
三人来到陈宝祭庙，却发现已经有人进去的痕迹，三人急忙进入，来到昆仑境七重天的第一层，华池之台。在台子上有一面巨大的镜子，旁边的碑文上道：“昆仑境乃西王母所在，华池之台乃王母花园。欲往七重天以上有二方，其一以力量压制昆仑镜，然则会被映照出自己内心，其二往春夏秋冬四岛取节令石开启通道。”三人试了试，发现以自己的级数根本无法压制昆仑镜，只好往四岛寻找节令石。
春秋岛上的节令石都也好拿，夏岛上有饕餮守石，冬岛上更有神兽三兄弟，虽然为人都很好，但手下功夫却着实硬朗。这时，太辰宫众人来到华池之岛，却正遇到被昆仑镜搅得精神崩溃的月曜使者檀越之，虽然睚眦是天下第一高手，但毕竟是人间的功夫，面对传承自云中界的绝顶神功，完全不是对手地被击溃。
桓远之回到华池台时，发现一片狼籍，自己的同门惨死，他感到心底一阵巨痛，呆立不动。嬴诗亦不好劝他，先行进入了七重天，车芸放心不下，也跟了进去。就在一个坡顶，她们感受到了檀越之被昆仑镜照出的内心世界：几个外族的孩子正在玩耍，巨大的机关兵器在黑火的驱动下闯入村庄，父亲为了保护自己而死，村庄在燃烧……
二人心灵震荡，突然大地晃动，巨大的机关踏弩出现，原来昆仑镜将这些内心投影实体化，作为七重天的防卫力量。跟着是幻影秦始皇和幻影巨雷，就在车芸她们精疲力竭之时，桓远之暂时放下悲伤赶到，用天书法术化解了幻影，将她们带离昆仑境。
檀越之联合了水曜和火曜使者，打算在这个时代完成理想国的梦想，首先，他们就要改变崤之战的结局，让七曜首领的日曜了解历史并非不可改变的。
崤山一战，七曜使者中有三名参战，秦军大败，百里奚之子被俘，三人回到雍城之后发现满城死气沉沉，来到百里大夫宅才知端的。桓远之提出去救回百里孟明，此时众人已知他是从千年后来的人，自是听从计划，在黄河渡口救回百里后，得知水曜使者慕舆柔尚存一些恻隐之心，悄悄放他们归来。
嬴诗心知太一之轮即将开启，独自一人前往寻找祭器。车芸和桓远之前往寻找她，在太华山顶，桓远之谈起了自己的身世：他本是江左名家，晋朝淝水一战惨败，他独自逃走，竟进入桃花源中，机缘巧合之下学得天书法术，并利用失却之阵制造时间缝隙来到千年前，但乘坐的机关鸟坠毁，他被车芸救起。当他听说太辰宫有一种五岳阵法可以从外界改写操纵宇宙生克的太一之轮的时候，就利用天书法术加入太辰宫，并成为九龙子之一。说到这里，他愤愤道：“我定要改变这华夏被蛮夷灭亡的屈辱历史，自古华夏子民都爱好和平，怎能容忍被胡人侵略！”突然一把苍老的声线自空中响起：“小娃娃忒也幼稚！”驾机关穷奇从天而降的竟是七曜使者中的墨衡。他道：“你有所不知，苻坚雄才大略，他统一中国之后，融合胡汉，创立了自汉以来的第二个黄金盛世，你斤斤计较于夷夏之防，未免太也狭隘！”
墨衡此来是为了把机关穷奇送给车芸，之后就离开了，桓远之正在思考他的话，突然车芸急道：“我感到诗姐姐出事了！”桓远之心中一惊，忙卜一卦，竟得一死卦！
当车芸和桓远之赶回雍城时，面对的已经是嬴诗的尸体，原来火曜使者杀进宫来，嬴诗为了救穆公竟被活活烧死。车芸哭得晕了过去，桓远之只好去整理遗物，在遗物中他竟发现了一封慕容垂的信，这才知道嬴诗是来自一个淝水之战晋朝胜利的未来，并打算通过得到六祭器中的三件，进入昊天界直接修改太一之轮，这比五岳阵要更加的直接了。桓远之顿时产生了被利用的感觉。但他不知道，嬴诗（慕容诗）原本是想邀他一同进入昊天界，然后公平一战，胜利的人就可以刻上自己需要的生克的。此刻，他只认为自己是受骗了。
而此刻的慕容诗正在黄泉路上见到苻坚，这充满威严的男子道：“现在不是你来这里的时候，我同一灵魂在那里的转世还需要你的帮助。”嬴诗骤然醒来，发现自己竟在伏羲宫殿，七曜使者也在身边，原来日曜使者项楚发现了火曜的暴行，把他抓回来，并用“天女白玉轮”复活了嬴诗。
项楚更给着她熟悉的威严感，他缓缓道：“我们是从四百年后的时代来到这里的，历史的走向本是秦克晋，但由于你把这个生克关系又刻了一遍，导致秦提前强盛，以黑火力量四处扩张侵略，因此我们受云中界主人犀衍所托，来这里封印太一之轮。但月曜和水曜却偷了三件祭器去了昊天界，意图阻止封印行动，我们需要你的祭器，追上去停止他。”慕容诗本就已经对他们心存感激，加上封印太一轮恰好会使历史回到秦克晋的路上，因此爽快答应。
几人取回祭器，交给项楚，项楚他们知道自己来自另一个因果的未来，因此封印之后就会消逝，特别是墨衡知道自己的另一个转世是桓远之，苻殷也知道嬴诗和车芸都是自己灵魂在不同时代的转世，离别之际，分外感伤。但他们毕竟都是盖代的宗师气度，立即打开天门，进入昊天界。
留在地上的三个人气氛突然尴尬起来，桓远之终于忍不住，指责慕容诗欺瞒他，慕容诗将自己的打算坦然相告，但桓远之虽为男子，比起胡女慕容诗来却小气得多，只是心中不忿。就在此时，突然天空如同裂开，坠下两个人，竟是已经死去的火曜和重伤的日曜。桓远之急忙展开天书，将项楚收入其中治疗。
原来月曜暗中使用“伏琴心法”操控了金木土三曜心神，偷袭项楚，这门术法脱胎自伏羲琴，可操纵人心，端的厉害无比，但火曜虽平日与月曜共事，但却是条磊落好汉，拼死保护日曜出险。目前只有想办法将能施展这门术法的水曜争取过来，才有希望将心灵控制解消。三人想到要和功夫已达不可思议境界的七曜使者对敌，都犹豫了一下，反是桓远之道：“既如此，我们也当尽快赶往昊天界才是。”
项楚拿过慕容诗的古剑，暗暗道：“轩辕剑啊，想不到在这个时代也能见到你……”强运法力，瞬间一把青铜古剑迸发出惊世的黄金光芒——轩辕剑出，天下太平！那一瞬间的绝代光华，深深刻在每个人的心里。
三人来到昊天界，落脚之处是茫无涯际的虚空，哪有半点实地，三人心神震荡，极目远眺，只见一座座虹桥将浮岛连接，分别击败被控制的木曜苻殷、金曜拓拔渊和土曜墨衡之后，又要和他们群战。击退他们后，终于见到了水曜慕舆柔，轩辕剑既已解开封印，同样出自十大神器的伏琴心法就无法起作用，她只有退走，但车芸的话依然给她很大震动。
在第二岛的空中，慕舆柔终于解开了好友苻殷的控制，回去抨击月曜，月曜面色一冷，竟对自己的爱侣使用了伏琴心法。当三人再次见到慕舆柔时，她竟也被控制了，突然苻殷从她身后给了她致命一击，“这是约定好的，虽然只有在生命垂危的时候，才能摆脱心灵控制，但是，这是我们的约定……”苻殷流着泪，去向日曜赔罪。
三人继续前进，却发现拓拔渊手中的轩辕剑也已开封，同一时代，两把世上最强神兵，终于对战！虽然神兵相同，但拓拔渊实力终究略胜一筹，而同时墨衡也用巨大的机关臂将车芸和桓远之制住。就在此时，苻殷挺身挡住了拓拔渊手中的轩辕剑，并拼死与他同归于尽，二人相拥而死，就在苻殷死去的瞬间，慕容诗知道了她和自己拥有同一灵魂。同时，由于桓远之生命垂危，墨衡受到感应，竟也解开了心灵控制。他看着同伴的尸体，喟然长叹，拾起拓拔的轩辕剑道：“诗姑娘，我现在上去消耗檀越之的力量，他是我们当中最强的，你们一会上来吧。但是不要告诉那小伙子我和他是一个灵魂，也别告诉车小姑娘你们三个其实是一个灵魂，我怕他们会受到冲击，现在我们已经没有时间受冲击了。”
这个可敬的老人背影消失在阶梯上，车芸和桓远之刚刚起身，桓远之突然怔怔地道：“墨老先生有难了……”
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