当程序集以MSIL而不是机器代码的形式发布时，最令人关心的问题应该就是安全。正如前面所介绍的，程序集包含了关于包里面所有模块的manifest以及详细描述各个模块的元数据。.NET SDK 提供了一个名为ILDASM的工具，它是一个IL反汇编程序，能够从模块反汇编出IL代码以及应用程序中各个模块的元数据说明。从Listing 1可以看出，利用ILDASM对代码实施反向工程是极为方便的。
【Listing 1】下面是IL反汇编程序ILDASM输出的部分结果。 它显示的是应用中一个名为LeavingMessage的私有方法，后 面部分是调用LeavingMessage方法的代码。CLR把参数压入 栈，执行调用，然后恢复栈为下一个操作做好准备。 .method private instance void LeavingMessage(class System.String& strText) il managed { // Code size 10 (0xa) .maxstack 8 //000059: Private Sub LeavingMessage(ByRef strText As String) IL_0000: nop .line 60 //000060: debug.Write(strText) IL_0001: ldarg.1 IL_0002: ldind.ref IL_0003: call void [System]System.Diagnostics.Debug:: Write(class System.String) .line 61 //000061: End Sub IL_0008: nop IL_0009: ret } // end of method Form1::LeavingMessage Code to call LeavingMessage Sub finally { IL_002d: nop .line 73 //000073: LeavingMessage("Goodbye Dear Friend") IL_002e: ldarg.0 IL_002f: ldstr "Goodbye Dear Friend" IL_0034: stloc.3 IL_0035: ldloca.s _Vb_t_string_0 IL_0037: callvirt instance void GoodbyeVB6.Form1::LeavingMessage(class System.String&) IL_003c: endfinally .line 74 //000074: End Try } // end handler
人们已经认识到了这个问题，一个常见的反驳意见是：在现实中，应用的规模很大，IL反汇编输出结果的规模将超过可以忍受的限度。但是，它可能使一个业余爱好者望而却步，却不能阻止一个真正对代码感兴趣的人。实际情况是：与机器代码的反汇编结果相比，ILDASM的反汇编结果要容易阅读得多，任何对此感兴趣的组织都能够从IL反汇编结果了解到大量有关应用的信息。
按照Microsoft的意见，要保证企业机密安全，我们应该把所有包含企业机密的模块放到受保护的服务器上。对于ASP.NET客户机/服务器应用来说这没问题，但对于标准的桌面应用来说它行不通。那么，如何才能对知识产权进行保护呢？MSIL汇编程序文档提到了一个命令行参数/owner：
ilasm ... /owner ilasm ... /owner=fergus
这个选项用密码加密代码，防止代码被反汇编。问题在于Microsoft准备取消这个选项，因为它看起来不是一种好方法。这样，对于用受管理的C++、C#或VB为.NET Beta 1编写的桌面应用来说，要保护知识产权将非常困难。
但希望仍旧存在。在.NET最终发布之前，Microsoft可能提供一个模糊器（Obfuscator）程序，它能够修改MSIL的私有方法，使得除CLR JIT编译器之外没有人能够阅读这些私有方法。但是，它不会隐藏应用的公用（全局）方法以及对外部库的调用，这是因为：如果修改全局调用的名字或者隐藏这些调用，CLR将不能再链接到外部函数。因此，黑客们仍旧能够通过查看IL代码，找出应用调用系统DLL的各种信息。这样，现在我们只能用一种方法对桌面应用的知识产权进行保护，即用非受管理的C++编写关键性代码，然后从VB.NET通过为访问非受管理代码提供的交互机制访问它。当然，对于VB开发者来说，这可能比较困难。
由于所有受管理代码必须以MSIL形式发布，所以在发布之前代码不能进行JIT编译。但是，在目标机器上安装应用的时候，我们可以把代码编译成汇编形式。从表面上看来这很不错，但代码在安装盘上仍旧是IL形式，我们可以手工从安装盘提取出代码，然而分别对它们进行反汇编。由于应用安装完成后以编译代码而不是IL的形式存在，除了安全之外，它还能够少量地提高应用运行的速度，因为此时我们不再需要JIT编译器编译IL代码。
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